La història del nostre club es remonta a l’estiu del 1992 quan un grup d’amics, tots ells jugadors de futbol-11 que es reunien habitualment per jugar campionats estiuencs, van decidir deixar aquesta disciplina i federar el seu equip per jugar a la lliga de 1a Províncial de futbol sala de la Federació Catalana de futbol. El seu equip es va inscriure com a secció del Club Natació Figueres.

En la primera temporada l’equip es classificà en quarta posició i les tres següents jornades van servir perquè els jugadors assimilessin el sistema del futbol sala. Els resultats no van tardar en arribar i després de
dues temporades l’equip va aconseguir l’ascens a Divisió d’Honor Provincial.

Durant les quatre següents temporades, l’equip va convertir-se en una referència dins el futbol sala gironí, sempre ocupant un dels cinc primers llocs de la classificació.
El mes d’agost del 2000 el club es desvinculà del CN Figueres i es va voler fer un pas endavant constituïnt el nou FS Figueres creant alhora una nova estructura que permetés millorar els objectius esportius de l’equip. Els fruits van arribar i a la temporada 2002/03 va aconseguir l’ascens a Primera Territorial Catalana.

Més tard, l’equip es traslladà a Castelló d’Empúries sota el nom de FS Empuriabrava i fou llavors quan arribà un ascens històric, fins aquell moment, a Primera Nacional B. Per sorpresa de molts equips, el conjunt empordanès es proclamava campió d’hivern i uns mesos després aconseguia l’ascens a Nacional A. Malauradament, aquella temporada, tot i que l’equip ho va tenir a les seves mans fins a les darreres jornades, no va poder evitar el descens a Nacional B.

Després de passar dues temporades i mitja en aquesta categoria, i donada la impossibilitat de trobar nous ingressos i patrocinadors que ajudessin a subsistir l’equip fins a final de temporada, el club va anunciar la seva retirada de la competició. Això va suposar tornar a començar de zero, buscar jugadors, fer-ne la formació, ...
Enguany, el club ha decidit fer el canvi a la Federació Catalana de Futbol Sala i optar a l’assoliment d’objectius esportius molt més interessants.